土培條件下，淹水會使土壤通氣性下降，根際氧含量降低，土壤氧化還原電位過低。土壤氧化還原電位太低，土壤有機質(zhì)分解變慢養(yǎng)分供應能力會下降，嫌氣分解產(chǎn)生大量有機酸會抑制根系呼吸作用。土壤長期的低氧化還原電位還會使Fe、Mn有效性增加造成根系毒害，硫化氫和丁酸積累也會抑制根系生長。根系長期生長受抑制，長期被毒物毒害，就會造成細胞壞死、凋亡，呈現(xiàn)出黑褐色的爛根癥狀，俗稱淹水漚爛。

水培條件下，營養(yǎng)液的成分通常簡單，沒有過多復雜的土壤有機物，只有必須的大量、中微量礦質(zhì)營養(yǎng)。而且水培是要換水的！水培通常三到五天就要換一次水，不然水會臭，會有藻類和其他微生物滋長。因此，正規(guī)的水培條件下來不及積累大量的硫化氫等有害物質(zhì)，水有一定的氧溶解量，通過換水可以供應植物根系需要的氧氣。

另外，土壤的成土母質(zhì)成分并不單一，不同母質(zhì)差別大，但淹水都會使土壤中的次生黏土礦物中Fe、Mn有效性升高甚至過量造成毒性增強，水培條件下的培養(yǎng)液不含鎘、砷、鋁等毒物，F(xiàn)e、Mn、Cu、Zn等微涼元素的含量也控制在適宜水平遠不會因為環(huán)境變化造成過量或毒害。